Hoewel de voorouders van de Yakutian Laika als oude rassen worden beschouwd, is hij relatief een nieuw ras. De Yakutian Laika werd voor het eerst gedocumenteerd in de jaren 1800 en naar schatting waren er enkele duizenden. Zijn populariteit nam echter aanzienlijk af en in de jaren negentig waren zijn aantal gedaald tot slechts een paar honderd. Het ras kwam in de jaren negentig weer tot leven en door conserveringsinspanningen werd het ras teruggebracht naar zijn oorspronkelijke uiterlijk en doel. De Yakutian Laika werd gefokt door de inheemse bevolking van de noordoostelijke regio van Rusland, beter bekend als Siberië. Door de geschiedenis heen werden honden die vergelijkbaar zijn met de Yakutian Laika door ontdekkingsreizigers in de regio beschreven met veel verschillende namen, waaronder Sledge Dog, Tungusskaya, Chuvychanskaya, Arkticheskaya en Polarmaya. Dit ras is verschenen in verschillende gepubliceerde werken, waaronder in het boek van Nicolas Cornelissen Witsen, gepubliceerd in 1692. Witsen is een Nederlandse wetenschapper, reiziger, etnograaf en geograaf die de Siberische regio verkende en zijn bevindingen publiceerde, inclusief beschrijvingen van de Yakutian Laika en hun nut voor de mensen die in dit barre klimaat leven. Tijdens de 2e uitgebreide Kamtsjatka-expeditie in 1730 werd de Yakutian Laika gebruikt om sleeën te trekken en als waakhonden te fungeren voor de ontdekkingsreizigers. In 1839 werd de Yakutian Laika tijdens de wintermaanden gebruikt voor postbezorging van Yakutsk via Okhotsk naar Kamchatka. Twintig sleeën of sleeën werden gebruikt om vracht en post te vervoeren. Elke slee had een team van 11 honden om elke dag tussen de 1.000 en 1.400 pond vracht tot 53 mijl te trekken. De Yakutian Laika verscheen opnieuw in de literatuur in 1843 toen Ivan Pavlovsky "Geography of the Russian Empire" schreef en de invloed van het ras op de postbezorging beschreef. Professor Ivan Yakovlevich Gorlov publiceerde zijn boek 'Overzicht van de economische status, statistieken van het Russische rijk voor 1849' en beschreef het doel van de Yakutian Laika. Yakutians gebruikten de honden om te sleeën en zware lasten te dragen. Het hele jaar door blijven honden in de open lucht, in de zomer graven ze een gat in de grond om zichzelf af te koelen of in het water te liggen vanwege muggen. In de winter zoeken ze een schuilplaats in diepe sneeuwkuilen die zich opkrullen en hun snuit bedekken met een harige staart. Toen hij niet langer nodig was om vracht door het ruwe Siberische gebied te slepen, verloor de Yakutian Laika zijn populariteit. Pas in de jaren negentig nam een groep enthousiastelingen meer belangstelling voor het behoud van het ras. Hun inspanningen waren succesvol en in 2004 accepteerde de Russische cynologische federatie de rasstandaard Yakutian Laika en begon met het registreren van honden. De Internationale Cynologische Federatie heeft de Yakutian Laika nog niet erkend. In 2017 begon de American Kennel Club echter de Yakutian Laika te accepteren in haar Foundation Stock Service.