Dit ras is meer dan vier eeuwen geleden ontwikkeld in een noordelijke regio van Nederland, bekend als Friesland. Het Wetterhoun-ras wordt beschouwd als een landras-hondenras, wat betekent dat ze zijn ontwikkeld zonder een formeel register, vaak op een manier die zich aanpast aan de omgeving waarin ze zich bevinden. Aangezien deze honden oorspronkelijk zijn ontwikkeld zonder officiële gegevens, is er geen manier om zeker te weten welke hondenrassen hebben bijgedragen aan de Wetterhoun, hoewel de meest waarschijnlijke bijdragers onder meer waterspaniels zijn zoals de Old Water Dog, spitz-type boerderijhonden uit de omgeving en zigeunerhonden. Een van de eerste functies van deze honden waren als jagers van otter, een roofdier dat als een bedreiging voor de visserij van het gebied werd beschouwd, maar ze bleken ook bedreven in het jagen op andere kleine dieren en in het lokaliseren en ophalen van jachtvogels, zowel in als uit het water. De populatie van de Wetterhoun, zoals veel van de hondenrassen in Europa, werd gedecimeerd tijdens de Tweede Wereldoorlog en zonder de inspanningen van liefhebbers van het ras, met name Jan Bos, is het ras mogelijk verdwenen. Hoewel deze honden nog niet officieel zijn erkend door de American Kennel Club, zijn ze sinds december 1959 door de Federation Cynologique Internationale erkend onder de naam Frisian Water Dog onder de noemer retrievers en doorspoelende waterhonden, en de United Kennel Club officieel herkende ze onder de classificatie Gun Dog in 2006 en vermeldde ook de officiële naam als Friese Waterhond.