De Karst-herder wordt beschouwd als het oudste inheemse ras van Slovenië. Onderzoekers hebben de geschatte datum waarop de Karst-herder is ontstaan, niet kunnen bepalen. Ze geloven dat hij een oud ras is dat wordt gebruikt als herdershond en voogdijhond in het gebied dat bekend staat als de Sloveense Karst rond Pivka. Professor Strebel, een beroemde ontdekkingsreiziger, beschreef de voorouders van de Karst-herder als een schakel tussen de Duitse herdershond en de Griekse Molos. Professor Strebel suggereert dat er een mogelijke Latijnse oorsprong is via de Pompeii-hond. Hoewel andere onderzoekers er sterk van overtuigd zijn dat de voorouders van de Karst-herder door de Illyriërs via de Dalmatische eilanden en Istra naar het Sloveense Karst-gebied zijn gebracht. Een algemeen aanvaarde theorie is dat de Griekse Molos werden gefokt met andere herdershonden zoals de Roemeense herdershond, de Kaukasische herder, de Sarplaninec of de Macedonische herdershond. De Karst-herder werd in 1939 internationaal erkend als de Illyrische herder. Hij werd gegroepeerd bij de herder van het Sarplaninia-massief. Hij werd omgedoopt tot de Krasevec in 1968. De Centrale Vereniging van Joegoslavië ging verder met het scheiden van de Herder van het Sarplaninia-massief en de Krasevec in twee onafhankelijke rassen, de Sarplaninac en de Karst-herdershond. Deze scheiding vond plaats in 1968. Het is onbekend wanneer de Karst Shepherd in de Verenigde Staten werd geïmporteerd. Aangezien er geen documentatie bekend is, wordt aangenomen dat hij in Canada of Mexico is geïmporteerd en vervolgens over de grens is gebracht in plaats van rechtstreeks naar de Verenigde Staten te zijn gevlogen. Hoewel de Karst Shepherd niet wordt erkend door de American Kennel Club, wordt hij sinds 1 juli 2006 erkend door de United Kennel Club.