De Hokkaido dateert uit de oudheid, hoewel niemand zijn exacte datum van herkomst kent. Er wordt gedacht dat hij afkomstig is van een Japans ras genaamd Matagi-ken. Deze honden kwamen uit de Tohoku-regio door de Ainu-bevolking tijdens de Jomon-periode. De Tohoku-regio is erg geïsoleerd en de ontwikkeling van een nieuw ras werd voor de rest van de wereld verborgen gehouden tot 1869 toen Thomas W. Blankiston, een Engelse zoöloog het ras ontdekte en hem de naam Hokkaido gaf. In 1902 werd de Hokkaido populair toen hij werd gebruikt bij een zoek- en reddingsoperatie voor een legerexpeditie. De soldaten werden gevangen in een zware sneeuwstorm bij het oversteken van het Hakkoda-gebergte in de prefectuur Aomori. Vanwege zijn vermogen om zeer koude temperaturen te weerstaan, was hij in staat om binnen de diepe sneeuw naar overlevenden te zoeken. De Hokkaido werd in 1937 geselecteerd om op de lijst van beschermde soorten voor Japan te staan. Het ministerie van Onderwijs veranderde officieel zijn naam van Ainu-hond in Hokkaido-Inu. De meeste Japanners noemen hem Hokkaido-Ken. Hij werd populair in 2007 toen een Hokkaido werd gebruikt in een commercial voor SoftBank, een Japans telecombedrijf. De commercial won de ACC Grand Prix minister van Binnenlandse Zaken en Communicatie. De directeur was Amerikaans en hielp het ras in de Verenigde Staten onder de aandacht te brengen. Ondanks zijn verdiende bekendheid in de commerciële serie voor SoftBank, wordt de Hokkaido nog steeds zelden buiten Japan gevonden. Zijn uiterlijk is niet veel geëvolueerd uit de oudheid, hij ziet er woest uit en lijkt erg op zijn neef, de Akita. Er wordt gesuggereerd dat hij ook afstamt van de Chow Chow en Shar Pei omdat de meeste Hokkaido blauwzwarte tongen hebben.