De geschiedenis van de Cão de Castro Laboreiro is gemakkelijk een van de meest mysterieuze van bijna elke hond die nog bestaat, maar als er een idee is dat het bijna universeel eens lijkt te zijn, is het ras een van de oudste ter wereld. Talloze experts hebben geprobeerd een solide schakel in de afstamming te vinden, waarvan de meeste lijken terug te voeren op een hond van het Mastiff-type of zelfs eerder, zoals die van de Lupomolossoïden, die voorlopers waren van rassen zoals de Grote Pyreneeën. Er wordt aangenomen dat ze zelfs de Mastiff zelf zijn voorgegaan, en sterkere verbindingen hebben teruggevoerd naar die van de Molossus, de honden van de oude Griekse en Romeinse krijgers. Ongeacht hun oude geschiedenis, deze honden stonden erom bekend honderden jaren lang kuddes en families in Portugal te hebben beschermd tegen zowel menselijke aanvallers als roofdieren en veel van hun kenmerken zijn afgeleid van deze historische invloed. Er wordt zelfs aangenomen dat de Portugezen de honden mogelijk naar Newfoundland hebben gebracht en daarmee de uiteindelijke ontwikkeling van de Labrador Retriever hebben beïnvloed, een ras dat een grote verscheidenheid aan overeenkomsten vertoont met de Cão de Castro Laboreiro. In hun raszuivere vorm werd het ras tot het midden van de 20e eeuw zelden buiten hun regio van herkomst gezien, een belangrijke reden waarom hun aantal altijd zo beperkt is gebleven. Het kromp verder in de late 19e en vroege 20e eeuw toen landbouwtechnieken veranderden en de ontwikkeling van meer geavanceerde wapens hielp om talloze roofdieren onder controle te houden en zelfs te doden, waardoor veel honden zonder hun traditionele werk achterbleven. Op hun beurt lieten veel boeren hen in de steek en werden ze gedwongen te jagen om te overleven, en keerden ze uiteindelijk terug om de boeren te achtervolgen door hun vee te doden om te overleven. Gelukkig bleven er een paar toegewijde fokkers over en in plaats van ze als voogd te gebruiken, fokten ze ze als metgezellen, waardoor ze werden overboord gegooid in een toekomst van familie en presentatie, waaronder 1914 toen ze voor het eerst verschenen op een Portugese hondenshow. Tegenwoordig is hun aantal nog steeds beperkt, met een maximum van ongeveer 500 honden in totaal wereldwijd. De meeste van hun fokkers zijn nog steeds in Portugal gevestigd, maar enkelen zijn begonnen zich naar de Verenigde Staten en West-Europa te verspreiden. Ze worden als uiterst zeldzaam beschouwd.